MenjalankanTri dharma Perguruan Tinggi, satu hal yang menjadi prioritas dalam rencana pengembangan IAIN Ambon adalah dengan memperbanyak program studi yang menjadi kebutuhan masyarakat baik di skala lokal yakni di Maluku maupun di skala nasional untuk mendukung visi misi IAIN Ambon.Letak geografis provinsi Maluku yang terdiri dari banyak pulau dan dikelilingi oleh lautan maka zonasi yang ditentukan oleh Peraturan Pemerintah dalam rangka pemberian izin bagi masyarakat yang ingin melanjutkan studi ke jenjang yang lebih tinggi yakni S2 pasti tidak akan terpenuhi sehingga untuk memenuhi kebutuhan masyarakat maka pembukaan progran studi Sosiologi Agama di tingkat S2 menjadi sangat penting mengingat banyaknya animo masyarakat terlebih yang merupakan alumni dari Program Studi Sosiologi Agama S1 IAIN Ambon. selain itu, banyaknya masalah sosial keagamaan yang bermunculan dalam masyarakat sangat membutuhkan penyelesaian dan kerjasama saling bahu membahu oleh kalangan pendidik maupun tokoh masyarakat menyebabkan dibukanya program studi Sosiologi Agama di tingkat S2 menjadi sangat dibutuhkan mengingat prodi ini tidak terdapat di provinsi Maluku selain di IAIN Ambon bahkan di IAIN dan UIN se Indonesia pun jarang terdapat Program Studi Sosiologi Agama. sebagian besar dari IAIN dan UIN sudah mengalihkan prodi Sosiologi Agama ke prodi Sosiologi murni.