Sejarah berdirinya Program Studi Pendidikan Biologi di STAIN Ambon diawali adanya konflik Maluku pada tahun 1999. Pada saat itu para tokoh masyarakat dan beberapa para akademisi muslim yang ada di Universitas Pattimura dan beberapa akademisi yang ada di STAIN Ambon menggagas untuk mendirikan Jurusan Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika di STAIN karena mahasiswa muslim pada saat itu tidak bisa melakukan perkuliahan di UNPATTI karena kondisi keamanan, maka para tokoh masyarakat dan para akademisi antara lain Almarhum Ismail Titapele, M.Pd, Usman Thalib, M.Hum, Zainudin Notanubun, M.Pd, Samad Umarella, M.Pd, Jabar Abdul Jabar, M.Pd, Drs. Mohammad Attamimi, M.Ag, Ismail DP.,M.Pd, Drs. Arifin Toatubun, M.Ag